1974 yılında Rize Çayeli’nde dünyaya gelen Şahin, ilköğrenimini Rize’de, lise eğitimini Sakarya’da tamamladı. 1995 yılında Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi Halkla İlişkiler ve Tanıtım Bölümü’nden mezun oldu. 2002 yılında da Gazetecilik Anabilim Dalı’nda Yüksek Lisans yaptı. Halen Selçuk Üniversitesi’nde İletişim alanında Doktora eğitimini tez aşamasında sürdürüyor.

Anadolu Ajansı eski Genel Müdür Yardımcısı Ebubekir Şahin sırasıyla, İçişleri Bakanlığı, TBMM, Adalet Bakanlığı, Sanayi ve Ticaret Bakanlığı, RTÜK, Başbakanlık gibi birçok kurumda yöneticilik yaptı. Son olarak da Anadolu Ajansı’nda Genel Müdür Yardımcılığı görevinde bulundu.

5 Mart 2015 tarih ve 131 sayılı Kararname ile Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığı’na Müsteşar Yardımcısı olarak atanan Şahin, evli ve 2 çocuk babası.