Akademik çalışmaları kapsamında 2 yıla yakın bir süre Paris’te kalan Işık kitabında  Türkiye Cumhuriyeti ulus-devletinin kurulmasını sağlayan Lozan Barış Antlaşması'nda gayrimüslim yurttaşlara tanınan azınlık statüsü ve sonrasında yaşanan tartışmaları geniş bir perspektifle ele alıyor. Genç akademisyen Alper Işık’ın dedesi gazeteci Zekai Erdal Işık’a ithaf ettiği “Türkiye’de Ulus-Devlet ve Gayrimüslim Azınlık” isimli kitabı çeşitli yayınevleri tarafından  internette satışa sundu.